《摂社》；
＜境内社＞
○若宮神社‐若宮五神（仁徳天皇以下五柱）下宮〜上宮への参道途中に鎮座。
○住吉神社‐住吉三神 上宮楼門内に鎮座（神功皇后の脇殿）
○黒男神社‐竹内宿禰 すくね 大鳥居近くに鎮座
○春宮とうぐう神社 ‐菟道稚郎子うじのわきいらつこ （応神天皇の御子神）下宮近くに鎮座。
○宇佐祖神社‐菟沙津彦ウジサツヒコ神・菟沙津姫神
○大神祖神社‐初代大宮司・大神比義
＜境外社＞
○大尾神社‐八幡大神 境内東方に立つ大尾山頂に鎮座
○大元神社（奥宮）‐御許おもと山山頂に鎮座、比売大神（宗像三女神）が地上に最初に降り立った地
○行幸会八社（数年ごとに巡行する行幸会が行われていた） 大根川神社 （宇佐市佐野）・乙咩おとめ神社 （宇佐市下乙女）・泉神社 （宇佐市辛島泉）・郡瀬神社（宇佐市樋田）・鷹居たかい神社 （宇佐市東上田）・田笛神社 （豊後高田市界）・妻垣神社 （宇佐市安心院町妻垣大門）・小山田神社 （宇佐市北宇佐）
＜末社＞境内社；
○春日神社‐天児屋根神、上宮楼門内に鎮座（八神の脇殿、神功皇后を助成）
○八子やこ神社‐八幡大神の八王子 上宮回廊の楠の木に鎮座
○亀山神社‐大山積神、亀山中腹に鎮座
○八坂神社‐スサノオ神 下宮近くに鎮座
○木匠祖（もくしょうそ）神社‐手置帆負神・比古狭知神 菱形池近くに鎮座（職人の守護神）
○水分みくまり神社‐高龗神（たかおかみ）・天水分神・国水分神・天汲匏持（アメノクイサモチ）神・国汲匏持神 境内の菱形池の小島に鎮座
○天満神社‐菅原道真神
○護皇神社‐和気清麻呂 大尾山中腹に鎮座
○北辰神社‐本宮の地主神・造化三神 上宮楼門内に鎮座比売大神の脇殿）
＊末社は他に多数鎮座
◎『貴船神社』（総本社は京都府京都市左京区）
《本宮》；高龗神（たかおかみ／水の神）を主祭神／本殿・拝殿2007年に改築された。
《結社ゆいのやしろ（中宮）》；コノハナサクヤヒメ神、イワナガヒメ神、オオヤマズミ神、ニニギ神／本宮と奥宮の中間、本宮から上流側300メートルの場所）
《奥宮》 ；闇龗神（くらおかみのかみ）・高龗神（たかおかみ／本宮の上流側700メートルの場所）。
《本宮内末社》；○白髭（しらひげ）社‐サルダヒコ神○牛一社‐コノハナサクヤヒメ神
○川尾社‐罔象女（ミズハノメ）神○鈴鹿社‐大比古オオヒコ神○祖霊社‐氏子の祖霊
《奥宮内末社》；○吸葛（すいかずら社 – 味耜高彦根（アジスキタカネヒコネ）神○日吉社‐大山咋（おおやまぐい）神、
○鈴市社；イスズヒメ神
《境外摂末社》；○楫取（かじとり）社 – 宇賀魂命○梅宮社‐コノハナサクヤヒメ神○私市（きさいち）‐オオクニヌシ神○下照姫（したてるひめ）神○林田社‐スクナヒコナ神